<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br>I'm helping to coordinate a project (called 
"Neurodata Without Borders", described below), which has the goal 
to develop a standard file format for neurophysiology data.   It seems likely that HDF5 will be used as the basis for the 
standard format, but the organization of data and metadata within the HDF5 file still must be determined.  I'm interested in any opinions or input about the following:<br>a. Is NeXus potentially useful for domains unrelated to particle physics experiments?<br>b. Are there any examples of NeXus being used in other domains?<br></div></div>c. What other methods of specifying the organization of data in an HDF5 file might be applicable for this project?<br></div><div>Thanks,<br></div><div>Jeff Teeters<br>Redwood Center for Theoretical Neuroscience<br>UC Berkeley<br></div><br><div><div><div><br><span>---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Jeff Teeters</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:jteeters@berkeley.edu" target="_blank">jteeters@berkeley.edu</a>></span><br>Date: Mon, Aug 11, 2014 at 11:47 PM<br>Subject: Seeking community input for Neurodata Without Borders<br>To: Jeff Teeters <<a href="mailto:jteeters@berkeley.edu" target="_blank">jteeters@berkeley.edu</a>><br>Cc: Fritz Sommer <<a href="mailto:fsommer@berkeley.edu" target="_blank">fsommer@berkeley.edu</a>><br><br><br></span>Dear Colleague,<br><br>The
 Neurodata Without Borders (NWB) project has just started. The project 
goal is to build a common data format for neurophysiology data from 
Allen Brain Institute, Janelia Farm and two labs from NYU and Caltech.  
Although focusing on a limited set of use cases, the project also aims 
to develop products that will serve the broader community. <br>

<br>At this point we would like to solicit community input about 
ideas/approaches for designing a generalizable neurophysiology data 
format. If you are interested in contributing to this project, please 
review the project description at:<br>

<a href="https://crcns.org/NWB" target="_blank">https://crcns.org/NWB</a><br>and fill out the questionnaire:<br><a href="https://docs.google.com/forms/d/1CNTd4M-8kQ_WhEZc7n7WxpTa0LOupt_q3z21E1fRxjM/viewform" target="_blank">https://docs.google.com/forms/d/1CNTd4M-8kQ_WhEZc7n7WxpTa0LOupt_q3z21E1fRxjM/viewform</a><br>

<br>On the basis of the questionnaire responses and ensuing 
communication, we will organize the first hackathon meeting of the 
project, to be held November 20 – 22, 2014 (just after SfN) at Janelia 
Farm, in Ashburn, Virginia.  At this hackathon we will discuss in detail
 the requirements for a common format based on the project use cases and
 also discuss, compare and evaluate alternative techniques for 
implementing the common format. <br>

<br>More information about the project is available in a recent press release: <a href="http://www.kavlifoundation.org/kavli-news/prominent-us-research-institutions-announce-collaboration-toward-sharing-and" target="_blank">http://www.kavlifoundation.org/kavli-news/prominent-us-research-institutions-announce-collaboration-toward-sharing-and</a><br>

<br>Please forward this email to anyone you know with relevant expertise who may be interested in contributing to this project.<br><br>Thank you,<br>Fritz Sommer and Jeff Teeters<br>Redwood Center for Theoretical Neuroscience<br>

UC Berkeley<br></div></div></div></div>