<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Hi Pete<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 06/24/16 14:45, Jemian, Pete R.
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:3x3ffr71c0c52kn0suavte8h.1466772308156@email.android.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <div>Eugen</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>First off, I (representing the user who asked me about this)
        want to read that file with the HDF5 plugin in IgorPro on a Mac.</div>
    </blockquote>
    Unfortunately I do not have a Mac test environment here ;)<br>
    <blockquote
      cite="mid:3x3ffr71c0c52kn0suavte8h.1466772308156@email.android.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>Adding the compression library to this toolset is not
        trivial.  I must persuade the 3rd party developer of that plugin
        to make this addition.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I also want to read that file with the h5py package in python
        on mac, Windows, and Linux.</div>
    </blockquote>
    We are currently testing an MSI package for Windows here. On Linux
    everything is easy. For Debian and Ubuntu we have packages which
    also set <br>
    the correct environment variables. We tried  to use all kinds of
    software to access the data which works fine on  Linux once the
    package is installed.<br>
    <br>
    For Windows we have seen that with the current build (Windows 7) at
    least Matlab R2016 and Anaconda Python 3.5 work flawlessly with the
    plugin.<br>
    <blockquote
      cite="mid:3x3ffr71c0c52kn0suavte8h.1466772308156@email.android.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>We are on the leading edge here but our users have already
        begun to struggle with reading these files.  Until the
        compression filters are part of common installations, a
        converter tool is needed.</div>
    </blockquote>
    The point is simply that as long as you are on a Linux system
    everything is fine. At least on Windows (I have no experience with
    Mac) <br>
    things are a bit more complicated. My personal suggestions to users
    is to use Linux for analysis whenever possible. <br>
    <br>
    I am on vacation next week but will add the LZ4+BitShuffle filter
    immediately when I am back ;) Promissed ;)<br>
    <br>
    regards<br>
       Eugen<br>
    <blockquote
      cite="mid:3x3ffr71c0c52kn0suavte8h.1466772308156@email.android.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>Pete</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div id="composer_signature">
        <div style="font-size:85%; color:#575757"><br>
        </div>
        <div style="font-size:85%; color:#575757">Sent from a device
          with a dreadfully small screen</div>
      </div>
      <br>
      <br>
      -------- Original message --------<br>
      From: Eugen Wintersberger <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:eugen.wintersberger@desy.de"><eugen.wintersberger@desy.de></a> <br>
      Date: 6/24/2016 3:05 AM (GMT-06:00) <br>
      To: "Jemian, Pete R." <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:jemian@anl.gov"><jemian@anl.gov></a>, "Herbert J.
      Bernstein" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:yayahjb@gmail.com"><yayahjb@gmail.com></a>, Discussion forum for the
      NeXus data format <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:nexus@nexusformat.org"><nexus@nexusformat.org></a>
      <br>
      Cc: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Tobias.Richter@diamond.ac.uk">Tobias.Richter@diamond.ac.uk</a>, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:jjakoncic@bnl.gov">jjakoncic@bnl.gov</a>,
      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:andreas.foerster@dectris.com">andreas.foerster@dectris.com</a>, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:rsweet@bnl.gov">rsweet@bnl.gov</a>
      <br>
      Subject: Re: [Nexus] how to read files from Eiger? <br>
      <br>
      <div>
        <p>Hi Pete,</p>
        <p>On which Linux systems do you want to read the files. For
          Ubuntu 14.04 and Debian 8  we have packages available.
          <br>
        </p>
        <div class="moz-cite-prefix">On 06/23/16 19:27, Pete Jemian
          wrote:<br>
        </div>
        <blockquote type="cite">Very helpful.  Thanks for the quick
          turnaround. <br>
          Now I go off in a corner with an internet connection for quiet
          time ... <br>
          <br>
          On 6/23/2016 12:25 PM, Herbert J. Bernstein wrote: <br>
          <blockquote type="cite">Dear Pete, <br>
            <br>
              This is a solvable problem, but requires some preliminary
            software installations.  First, be sure your HDF5 kit is
            reasonably recent and has filter plugin support.  Then
            pickup and install both the LZ4 and BitShuffle filters.  Now
            make sure HDF5_PLUGIN_PATH is defined to point to the
            directory containing the filter libraries.  Then h5dump
            should be able to handle the Eiger files.
            <br>
          </blockquote>
        </blockquote>
        For the current files BittShuffle is not required. Most probably
        required for latter releases of the detector?<br>
        <br>
        regards<br>
           Eugen<br>
        <blockquote type="cite">
          <blockquote type="cite"><br>
              Eugen is gathering the filters on github.  I am gathering
            other software and links to test data and templates at
            HDRMX.medsbio.org.  There is a link for the hdrmx-bb list on
            the page.   Please post comments, questions and suggestions
            there.
            <br>
            <br>
              Regards, <br>
                Herbert <br>
            <br>
            Sent from my iPad <br>
            <br>
            <blockquote type="cite">On Jun 23, 2016, at 12:48, Pete
              Jemian <a moz-do-not-send="true"
                class="moz-txt-link-rfc2396E"
                href="mailto:prjemian@gmail.com">
                <prjemian@gmail.com></a> wrote: <br>
              <br>
              <br>
              We have received a linked fileset from an Eiger 1M
              Anderson  want to read it. <br>
              Cannot seem to progress past knowing that there is data. <br>
              Here is an excerpt from h5dump (version 1.8.16): <br>
              <br>
                     DATASET "data" { <br>
                        DATATYPE  H5T_STD_U32LE <br>
                        DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 1065, 1030 ) / (
              H5S_UNLIMITED, 1065, 1030 ) }
              <br>
                        DATA {h5dump error: unable to print data <br>
              <br>
                        } <br>
                        ATTRIBUTE "image_nr_high" { <br>
                           DATATYPE  H5T_STD_I32LE <br>
                           DATASPACE  SCALAR <br>
                           DATA { <br>
                           (0): 1 <br>
                           } <br>
                        } <br>
                        ATTRIBUTE "image_nr_low" { <br>
                           DATATYPE  H5T_STD_I32LE <br>
                           DATASPACE  SCALAR <br>
                           DATA { <br>
                           (0): 1 <br>
                           } <br>
                        } <br>
                     } <br>
              <br>
              It's the error: "h5dump error: unable to print data" <br>
              <br>
              Is this the case where we have the wrong version of the
              HDF5 libraries? <br>
              Is there a tool to render such files compatible with the
              1.8 libraries? <br>
              If so, where is that tool? <br>
              <br>
              Pete <br>
              <br>
              _______________________________________________ <br>
              NeXus mailing list <br>
              <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
                href="mailto:NeXus@nexusformat.org">NeXus@nexusformat.org</a>
              <br>
              <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
                href="http://lists.nexusformat.org/mailman/listinfo/nexus">http://lists.nexusformat.org/mailman/listinfo/nexus</a>
              <br>
              <br>
            </blockquote>
          </blockquote>
          <br>
        </blockquote>
        <br>
        <div class="moz-signature">-- <br>
          Dr. Eugen Wintersberger <br>
          <br>
          FS-EC <br>
          DESY <br>
          Notkestr. 85 <br>
          D-22607 Hamburg <br>
          Germany <br>
          <br>
          E-Mail: <a moz-do-not-send="true"
            class="moz-txt-link-abbreviated"
            href="mailto:eugen.wintersberger@desy.de">
            eugen.wintersberger@desy.de</a> <br>
          Telefon: +49-40-8998-1917 <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      Dr. Eugen Wintersberger <br>
      <br>
      FS-EC <br>
      DESY <br>
      Notkestr. 85 <br>
      D-22607 Hamburg <br>
      Germany <br>
      <br>
      E-Mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:eugen.wintersberger@desy.de">eugen.wintersberger@desy.de</a> <br>
      Telefon: +49-40-8998-1917 <br>
    </div>
  </body>
</html>