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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">HI Pete<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We use these files & filters in dials via h5py and within our build it *<b>generally</b>* just works {there are exceptions which we are looking in to} including
 on macs<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">That said, we compile in the extensions into the distro so the users do not need to worry – for MX this is *<b>very important</b>*<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">For Eiger data sets the data may just be too big to transmogrify effectively<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Cheerio Graeme<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> NeXus [mailto:nexus-bounces@nexusformat.org]
<b>On Behalf Of </b>Jemian, Pete R.<br>
<b>Sent:</b> 24 June 2016 13:45<br>
<b>To:</b> Eugen Wintersberger; Herbert J. Bernstein; Discussion forum for the NeXus data format<br>
<b>Cc:</b> Richter, Tobias (ESS,RAL,LSCI); rsweet@bnl.gov; jjakoncic@bnl.gov; andreas.foerster@dectris.com<br>
<b>Subject:</b> Re: [Nexus] how to read files from Eiger?<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Eugen<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">First off, I (representing the user who asked me about this) want to read that file with the HDF5 plugin in IgorPro on a Mac.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Adding the compression library to this toolset is not trivial.  I must persuade the 3rd party developer of that plugin to make this addition.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I also want to read that file with the h5py package in python on mac, Windows, and Linux.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">We are on the leading edge here but our users have already begun to struggle with reading these files.  Until the compression filters are part of common installations, a converter tool is needed.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Pete<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div id="composer_signature">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#575757"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#575757">Sent from a device with a dreadfully small screen<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
<br>
-------- Original message --------<br>
From: Eugen Wintersberger <<a href="mailto:eugen.wintersberger@desy.de">eugen.wintersberger@desy.de</a>>
<br>
Date: 6/24/2016 3:05 AM (GMT-06:00) <br>
To: "Jemian, Pete R." <<a href="mailto:jemian@anl.gov">jemian@anl.gov</a>>, "Herbert J. Bernstein" <<a href="mailto:yayahjb@gmail.com">yayahjb@gmail.com</a>>, Discussion forum for the NeXus data format <<a href="mailto:nexus@nexusformat.org">nexus@nexusformat.org</a>>
<br>
Cc: <a href="mailto:Tobias.Richter@diamond.ac.uk">Tobias.Richter@diamond.ac.uk</a>,
<a href="mailto:jjakoncic@bnl.gov">jjakoncic@bnl.gov</a>, <a href="mailto:andreas.foerster@dectris.com">
andreas.foerster@dectris.com</a>, <a href="mailto:rsweet@bnl.gov">rsweet@bnl.gov</a>
<br>
Subject: Re: [Nexus] how to read files from Eiger? <o:p></o:p></p>
<div>
<p>Hi Pete,<o:p></o:p></p>
<p>On which Linux systems do you want to read the files. For Ubuntu 14.04 and Debian 8  we have packages available.
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 06/23/16 19:27, Pete Jemian wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal">Very helpful.  Thanks for the quick turnaround. <br>
Now I go off in a corner with an internet connection for quiet time ... <br>
<br>
On 6/23/2016 12:25 PM, Herbert J. Bernstein wrote: <br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dear Pete, <br>
<br>
  This is a solvable problem, but requires some preliminary software installations.  First, be sure your HDF5 kit is reasonably recent and has filter plugin support.  Then pickup and install both the LZ4 and BitShuffle filters.  Now make sure HDF5_PLUGIN_PATH
 is defined to point to the directory containing the filter libraries.  Then h5dump should be able to handle the Eiger files.
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal">For the current files BittShuffle is not required. Most probably required for latter releases of the detector?<br>
<br>
regards<br>
   Eugen<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal"><br>
  Eugen is gathering the filters on github.  I am gathering other software and links to test data and templates at HDRMX.medsbio.org.  There is a link for the hdrmx-bb list on the page.   Please post comments, questions and suggestions there.
<br>
<br>
  Regards, <br>
    Herbert <br>
<br>
Sent from my iPad <br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">On Jun 23, 2016, at 12:48, Pete Jemian
<a href="mailto:prjemian@gmail.com"><prjemian@gmail.com></a> wrote: <br>
<br>
<br>
We have received a linked fileset from an Eiger 1M Anderson  want to read it. <br>
Cannot seem to progress past knowing that there is data. <br>
Here is an excerpt from h5dump (version 1.8.16): <br>
<br>
       DATASET "data" { <br>
          DATATYPE  H5T_STD_U32LE <br>
          DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 1065, 1030 ) / ( H5S_UNLIMITED, 1065, 1030 ) }
<br>
          DATA {h5dump error: unable to print data <br>
<br>
          } <br>
          ATTRIBUTE "image_nr_high" { <br>
             DATATYPE  H5T_STD_I32LE <br>
             DATASPACE  SCALAR <br>
             DATA { <br>
             (0): 1 <br>
             } <br>
          } <br>
          ATTRIBUTE "image_nr_low" { <br>
             DATATYPE  H5T_STD_I32LE <br>
             DATASPACE  SCALAR <br>
             DATA { <br>
             (0): 1 <br>
             } <br>
          } <br>
       } <br>
<br>
It's the error: "h5dump error: unable to print data" <br>
<br>
Is this the case where we have the wrong version of the HDF5 libraries? <br>
Is there a tool to render such files compatible with the 1.8 libraries? <br>
If so, where is that tool? <br>
<br>
Pete <br>
<br>
_______________________________________________ <br>
NeXus mailing list <br>
<a href="mailto:NeXus@nexusformat.org">NeXus@nexusformat.org</a> <br>
<a href="http://lists.nexusformat.org/mailman/listinfo/nexus">http://lists.nexusformat.org/mailman/listinfo/nexus</a>
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">-- <br>
Dr. Eugen Wintersberger <br>
<br>
FS-EC <br>
DESY <br>
Notkestr. 85 <br>
D-22607 Hamburg <br>
Germany <br>
<br>
E-Mail: <a href="mailto:eugen.wintersberger@desy.de">eugen.wintersberger@desy.de</a>
<br>
Telefon: +49-40-8998-1917 <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>

<p align="justify"> </p>
<p align="justify">-- </p>
<p align="justify">This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br />Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd. <br />Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br />Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br /> </p></body>
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