
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div class="">HI Steve,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">v1.1, 2.0, 2.1, 3.0 etc are referring to the ontology and how things are modelled. After settling, I would change them rarely.</div><div class="">The definitions’ short hash on the other hand refers to the different versions of the NeXus standard, so the compatibility here is depending on how much the standard changes. Most of the time it is also changing slowly (like something becomes deprecated, etc.).</div><div class="">So by default, I would say that ALL <a href="http://purl.org/nexusformat/*/definitions/*/Field/NXsample/temperature" class="">http://purl.org/nexusformat/*/definitions/*/Field/NXsample/temperature</a> are compatible. More precise relationships can be added when a new release is coming out and we know what has actually been changed…</div><div class="">Note that v2.0 is already uses owl:deprecated (where a NeXus concept is marked), and owl:priorVersion, owl:backwardCompatibleWith, owl:incompatibleWith etc. can also be of use.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Note that version info is added also for the case if something goes wrong in an application, so one can dig down and find the root cause and then make a proper fix. Note that this cannot be avoided and without the version info such fixes would become even more cumbersome.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Examples from other ontologies: </div><div class=""><a href="https://obofoundry.org/principles/fp-004-versioning.html" class="">https://obofoundry.org/principles/fp-004-versioning.html</a> </div><div class=""><a href="https://www.w3.org/2007/OWL/wiki/Ontology_Versions" class="">https://www.w3.org/2007/OWL/wiki/Ontology_Versions</a> </div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Bests,</div><div class="">Sandor</div><div class=""><br class=""><div class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 20. Dec 2022, at 09:39, Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) <<a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta charset="UTF-8" class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;"><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">Thanks Sandor,<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">This looks fine in principle but may be complicated to implement. Is there a mechanism for determining the relationship between different versions of the same concept?<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">Regards,<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="">Steve<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div><div class=""><div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span lang="EN-US" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>Sandor Brockhauser <<a href="mailto:sandor.brockhauser@physik.hu-berlin.de" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">sandor.brockhauser@physik.hu-berlin.de</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class=""><b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>19 December 2022 21:47<br class=""><b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) <<a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a>><br class=""><b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>heike.goerzig <<a href="mailto:heike.goerzig@helmholtz-berlin.de" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">heike.goerzig@helmholtz-berlin.de</a>>;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:NeXus-committee@nexusformat.org" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">NeXus-committee@nexusformat.org</a><br class=""><b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [NeXus-committee] NeXus Ontology v2.0<o:p class=""></o:p></span></div></div></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Hi Steve and Heike,<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Indeed, we could keep them. Please note that in V2, <o:p class=""></o:p></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">- we use versioning,<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">- model all elements of the Vocabulary (definitions/groups/fields/attributes) as concepts/classes, and <o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">- tried to find a compromise between the naming conventions of v1 and the actual Vocabulary. In the given example v1:NXsample-temperature, and vocab:NXsample/temperature-field we propose:<o:p class=""></o:p></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><a href="http://purl.org/nexusformat/v2.0/definitions/7ca0338/Field/NXsample/temperature" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">http://purl.org/nexusformat/v2.0/definitions/7ca0338/Field/NXsample/temperature</a><o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Looking forward discussing the details and the next steps with you.<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Bests,<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Sandor<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div class=""><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">On 19. Dec 2022, at 18:26, Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) <<a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Me too!<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">This looks very interesting but I have not had time to look at it.<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Can I ask: do you plan to keep the PIDs for NeXus fields as they are in V1? We would like to start to think about using the PIDs in ICAT tables for some parameters (<a href="http://purl.org/nexusformat/definitions/NXsample-temperature" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">http://purl.org/nexusformat/definitions/NXsample-temperature</a>, for example) so it would be useful to know if these are likely to change.<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Cheers!<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Steve<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span lang="EN-US" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" class=""> </span></span><span lang="EN-US" class="">Görzig, Heike <<a href="mailto:heike.goerzig@helmholtz-berlin.de" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">heike.goerzig@helmholtz-berlin.de</a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class=""><b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>19 December 2022 16:07<br class=""><b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Sandor Brockhauser <<a href="mailto:sandor.brockhauser@physik.hu-berlin.de" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">sandor.brockhauser@physik.hu-berlin.de</a>>;<a href="mailto:NeXus-committee@nexusformat.org" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">NeXus-committee@nexusformat.org</a><br class=""><b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Collins, Steve (DLSLtd,RAL,SCI) <<a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a>><br class=""><b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>AW: [NeXus-committee] NeXus Ontology v2.0</span><o:p class=""></o:p></div></div></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Hi Sandor,</span><o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Thanks for working on that! Sorry, I could not attend the meeting.<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I have quite a lot of questions. Maybe it would be better to have a meeting next year.<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Best wishes,<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Heike<o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><b class=""><span lang="DE" class="">Von:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="DE" class=""> </span></span><span lang="DE" class="">NeXus-committee <<a href="mailto:nexus-committee-bounces@shadow.nd.rl.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">nexus-committee-bounces@shadow.nd.rl.ac.uk</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">Im Auftrag von<span class="apple-converted-space"> </span></b>Sandor Brockhauser via NeXus-committee<br class=""><b class="">Gesendet:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Freitag, 16. Dezember 2022 22:15<br class=""><b class="">An:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:NeXus-committee@nexusformat.org" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">NeXus-committee@nexusformat.org</a><br class=""><b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a><br class=""><b class="">Betreff:</b><span class="apple-converted-space"> </span>[NeXus-committee] NeXus Ontology v2.0</span><o:p class=""></o:p></div></div></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Dear All,</span><o:p class=""></o:p></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">As discussed on previous NIAC meetings, we have started discussions with Heike and Steve on making a new version of the NeXus Ontology which would cover the full NeXus Vocabulary (<a href="https://manual.nexusformat.org/classes/index.html?highlight=vocabulary" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">https://manual.nexusformat.org/classes/index.html?highlight=vocabulary</a>) made available during the June Code Camp. With the same effort, we also wanted to address the proper description of the NeXus concepts with their detailed informations, like defined enumerations, deprecations, etc. </span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Last Friday, we had a Sprint Planning Meeting, and I am happy to announce that our FAIRmat development team has implemented a firs proposal for the new version. Please go (<a href="https://github.com/nexusformat/NeXusOntology/pull/4" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">https://github.com/nexusformat/NeXusOntology/pull/4</a>) and have a look provide feedback, so we can all work together and make it even better.</span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">For those using ontology reasoners, I recommend FaCT++.</span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Quick summary:</span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><ul type="disc" style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0cm;" class=""><li class="MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">contains all the concepts for the full NeXus Vocabulary (definitions, groups, fields, attributes)</span><o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 3pt 0cm 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">defines and handles separately DataTypes and UnitCategories</span><o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 3pt 0cm 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">supports enumerations and also cardinality (minOccurs/maxOccurs/optional/required/recommended)</span><o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 3pt 0cm 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">checks and marks if a referenced concept (definition, group, field, attribute) has been specialised (e.g. docstring added, enumeration modified, new concept added or a cardinality of a referenced concept has been changed)</span><o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 3pt 0cm 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">added support for versioning (Ontology major: 2.0, minor: short hash of the NeXus Definitions used; conversion hash)</span><o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 3pt 0cm 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(36, 41, 47); background-color: white; box-sizing: border-box;"><span lang="DE" style="font-family: "Segoe UI", sans-serif;" class="">NeXus Definitions are referenced via git submodules for easier access</span><o:p class=""></o:p></li></ul><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Bests,</span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="DE" class="">Sandor</span><o:p class=""></o:p></div></div></div><div class=""><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-variant-caps: normal; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-spacing: 0px;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">-- <o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-variant-caps: normal; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-spacing: 0px;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br class="">Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br class="">Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<o:p class=""></o:p></span></div></div></blockquote></div><div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div></div></div><div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""> <br class="webkit-block-placeholder"></div><p align="justify" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">-- </p><p align="justify" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">This e-mail and any attachments may contain confidential, copyright and or privileged material, and are for the use of the intended addressee only. If you are not the intended addressee or an authorised recipient of the addressee please notify us of receipt by returning the e-mail and do not use, copy, retain, distribute or disclose the information in or attached to the e-mail.<br class="">Any opinions expressed within this e-mail are those of the individual and not necessarily of Diamond Light Source Ltd.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">Diamond Light Source Ltd. cannot guarantee that this e-mail or any attachments are free from viruses and we cannot accept liability for any damage which you may sustain as a result of software viruses which may be transmitted in or with the message.<br class="">Diamond Light Source Limited (company no. 4375679). Registered in England and Wales with its registered office at Diamond House, Harwell Science and Innovation Campus, Didcot, Oxfordshire, OX11 0DE, United Kingdom<br class=""> </p></div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>